Как предъявителю иска в суд (материальное возмещение) обезопасить себя от того, что ответчик исчезнет?

Извините, но вопрос составлен очень сумбурно, обо многом нужно догадываться.

Итак, Вы считаете, что Вам что-то должен индивидуальный предприниматель. Тогда нет никакой разницы, к кому Вы подаёте иск - к частному лицу или к ИП. В обоих случаях речь идёт об одном и том же участнике делового оборота - гражданине, который зарегистрирован в качестве предпринимателя.
Вас беспокоит, может ли он избежать выплаты денег, которые Вы попытаетесь взыскать. Да, может. Гарантировать нельзя ничего. Если Вы полагаете, что Ваш должник располагает имуществом, можете, обращаясь в суд, заявить ходатайство о наложении обеспечительного ареста на это (конкретное - нужно указать, какое именно) имущество. Правда, в случае проигрыша, нужно быть готовым к иску о возмещении вреда вследствие данного ареста.
Вас интересует вариант с возможным банкротством Вашего должника. Обанкротиться сейчас может и ИП, и гражданин, ИП не являющийся. Всё, что Вам остаётся - это отслеживать на сайте kad.arbitr.ru - не началось ли дело о банкротстве данного лица; если началось - предъявлять свои претензии в ходе банкротства. Кстати, будет возможность (с участием управляющего) оспорить сделки должника, совершённые в последние три года до начала банкротства.

Ну, и не нужно забывать, что, объявив себя банкротом, Ваш должник надолго закроет себе путь к легальному предпринимательству (посмотрите 127-ФЗ).