Что делать, купил машину, через год на нее ставят запрет на регистрационные действия, как мне снять этот запрет?

Первым делом вы должны обратиться в отделение МОТОТРЭР, в котором стоит на учете ваше транспортное средство и потребовать ксерокопию документа, на основании которого наложен запрет на регистрационные действия с автомобилем. Насколько мне известно, такой запрет налагается или определением суда, или службой судебных приставов.
Следующий шаг - исковое заявление о снятии запрета в районный суд по месту нахождения ответчика (организации, наложившей запрет).

Вы являетесь добросовестным приобретателем, т.к. покупали машину, на которую не был наложен запрет на продажу. Та организация, которая брала эту машину в залог, должна была принять меры безопасности по сделке. Пусть она подает в суд на бывшего хозяина за мошенничество. Вы должны выиграть.