Каким образом должна проходить оценка ущерба от залива квартиры и должна ли присутствовать виноватая сторона?

Помимо того, что Вы должны вызвать сотрудников ДЭЗа, ЖЭКа - рекомендую также вызвать независимого эксперта - таких много, но лучше из другого района, чтобы избежать так называемой договоренности служебных лиц (увы, но и такое бывает). Недавно у моих знакомых был подобный случай. Независимому они заплатили 8000 руб, но дело выиграли и им, помимо выплаты за причиненный ущерб, еще вернули и эти 8000 рублей.