Как убрать из счета за коммунальные услуги зарегистрированных (бывшая жена и сын), но не проживающих в этой квартире уже давно?

Андрей, просто не начислять коммунальные платежи на зарегистрированных не получится. Если есть возможность взять справку с того места жительства, где проживает Ваша бывшая жена и сын о том, что они проживают и оплачивают коммунальные услуги по другому адресу, то можно просто уменьшить сумму платежа. Еще можно установить счетчики (в счетах за коммунальные услуги на количество проживающих начисляется плата (кроме отопления) почти все услуги.