Можно ли Могу ли я прописать в муниципальную квартиру свою жену гражданку Украины,проживаем три года она имее?

Управляющая компания (а при договоре социального найма в ее лице в Москве выступает Департамент муниципального жилья) не вправе отказатть Вам в офоомлении допсоглашения к договору социального найма.

Потому что статья 67 Жилищного кдекса РФ "Права и обязанности нанимателя жилого помещения по договору социального найма" гласит:
"Наниматель жилого помещения по договору социального найма имеет право в установленном порядке вселять в занимаемое жилое помещение иных лиц". Для вселения как раз и нужно составить допсоглашение. Его текст долден быть примерно таким: "Прошу оформить дополнительное соглашение к договору социального найма №______ от __________ в связи с вселением в качестве члена семьи:
__________________________________________________________
(родство, Ф.И.О.)

Что касается территориального органа ФМС, то его требование вполне законно. Поскольку один из необходимых документов, необходимых для оформления вида на жительтво - это документ, подтверждающий наличие индивидуального жилья, жилого помещения по месту проживания на основаниях, предусмотренных законодательством Российской Федерации.

Чтобы сдвинуть ситуация с мертвой точки, Вам надо обратиться в суд на Департамент муниципального жилья с иском об обязаниии его выдать Вам допсоглашение к договору социального найма, сославшись в нем на норму статьи 67 ЖК РФ . Суд Вы обязательно выиграете.