Почему бывает трудно выдохнуть?

Вдох и выдох, как и моргание, например, относятся к действиям категории психического автоматизма.

Иными словами мозг напрямую посылает сигнал органу, не давая отчёта нашему сознанию. Мы не задумываемся, когда моргнуть, когда вздохнуть.
Соответственно, когда нарушаются подобные функции, причину следует искать "на командном пункте".

Может, конечно, не срабатывать и сам орган в результате каких-либо заболеваний, частичного паралича мышц и т.п.