Ответ
Опять же исходя из норм миграционного законодательства РФ нелегальными мигрантами также считаются и граждане РФ.
Если гражданин РФ проживает не по месту постоянной регистрации более 3 месяцев, то он обязан получить временную регистрацию по месту пребывания. Сам, как не москвич постоянно сталкиваюсь с данной проблемой в Москве.
Можно ли считать таких граждан РФ нелегальными мигрантами? Теоретически да, но фактически временную регистрацию у граждан РФ требуют исключительно в Москве.