Помимо линий метрополитена под землей столицы пролегают тоннели,один из них-Лефортовский тоннель - автомобильный тоннель на северо-востоке Москвы. Является частью третьего транспортного кольца. Длина около 2,2 км, это четвёртый по протяжённости тоннель в Европе. Тоннель проходит под рекой Яузой и Лефортовским парком. Тоннель имеет три полосы движения в каждом направлении, ширина каждой полосы - 3,5 м.
Например известный всем подземный город в Раменках. Расположен он между МГУ и парком 50-летия Октября и хорошо виден на картах и спутниковых фотографиях Google.
В советское время здесь было подземное убежище, вместительностью до 12 тысяч человек, со своей автономной системой электропитания, подачей воздуха, канализацией, запасами продовольствия и всем необходимым на случай войны.
Говорят, что сюда приходит одна из веток секретного "Метро-2".
Подробнее можно узнать здесь: my-ramenki narod ru
Под площадью Гагарина имеется большой подземный комплекс (бывшее бомбоубежище) который используется сейчас под подземную парковку.
"Бункер-42", бывший запасной командный пункт на Таганке, 5-й Котельнический переулок, д.11, в наши дни превращен в Музей Холодной войны.