Как сказать человеку, что он умный, чтобы это не показалось лестью?

Если ремарка относится к уму действительно умного, разумного человека, он поймёт это правильно, не сочтёт за лесть и не раздуется от чувства собственной важности.

Просто умные люди, как правило, здраво оценивают себя, свои возможности и способности.

Так, почему бы не сказать напрямую, что вы восхищены умом своего визави?!

Между близкими друзьями возможна облегчённая, ироничная форма комплимента вроде: "Ну, ты, брат, Сократ!" или "Мне нравится ход ваших мыслей!"

Если вы сами не намерены льстить, ваша искренность будет оценена по достоинству.